Основная идея -- для nest использовать передаваемый как параметр configService, а для режима cli командной строки самостоятельно парсить env (и вообще в любом случае самостоятельно если сервис конфигурации не переда как аргумент). Пример реализации ниже
Пример конфига config.ts (в нашем случае лежал относительно корня проекта так: src/modules/database/config.ts ):