Для таблиц, описывающих отношения типа "многие ко многим" необходимо использовать атрибут isCrossRef="true", например:
<!-- Связь времени подачи и типа авто -->
<table name="car_arrival_timings_cars_types" namespace="Crosses" phpName="CrossCarArrivaTimingCarType" isCrossRef="true">
<column name="car_arrival_timing_group_id" type="integer" required="true" primaryKey="true" />
<column name="car_arrival_timing_id" type="integer" required="true" primaryKey="true" />
