ВНИМАНИЕ: при таком (как ниже) подходе возможны проблемы!
Чтобы не упоминать в теле цикла имя переменной массива можно просто передавать очередное значение (элемент массива) в тело цикла по ссылке, например:
foreach ($clinical['results'] as $key => &$result) {
$result['positiveCount'] = (int)$result['positiveCount'];
$result['negativeCount'] = (int)$result['negativeCount'];
}