Ядро [программной системы] -- некая часть, без которой данная система в природе не встречается. Именно к ней подключаются модули (плагины), она руководит ими и/или зависит от них.
Если рассматривать приложение с высшего уровня абстракции, то ядро это одна из его подсистем (часто "самая главная").