Создадим файл .gitignore в корневой папке репозитория (скорее всего репозиторий у вас совпадает со всем проектом)
Пусть название этой директории некоторой директории - __pycache__ и мы не хотим чтобы гит отслеживал изменения в этой папке.
Тогда в созданном .gitignore надо написать (логично будет исключить не только папку но и сам файл .gitignore - хотя, кстати, его можно и оставить - если предполагается что такая же временная папку будет создана и у того человека, который сделает pull из нашего репозитория):