В конфигурационном файле my.ini путь к журналу прописывается в секции [mysqld] значение log=
Например:
log="C:/Program Files/MySQL/MySQL Server 5.1/txtlog.txt"
пример секции:
[mysqld]
net_write_timeout = 5000
wait_timeout=28800
interactive_timeout = 28800
max_allowed_packet=16M
#Enable log files
log="C:/Program Files/MySQL/MySQL Server 5.1/txtlog.txt"