git unable to update local ref Ошибка - git gc

Для лечения проблемы можно использовать:

git gc --prune=now

-- при этом: как написано в документации, выполнение это команды повышает риск повреждений репозитория, если другой процесс в это время в него пишет.
Так что лучше проводить операцию очистки без параллельной записи