С помощью композера устанавливаем модуль, пример конфига:
"require": {
"doctrine/migrations": "v1.7"
},
Далее консольная точка входа доступна по адресу (можно вызывать из командной строки):
./vendor/bin/doctrine-migrations
Источник: https://www.doctrine-project.org/projects/doctrine-migrations/en/latest/reference/introduction.html#installation