Используйте вызов:
flush_rewrite_rules();
перед объявлением своего обработчика, например:
flush_rewrite_rules();
add_filter('generate_rewrite_rules', 'taxonomy_slug_rewrite');
ВНИМАНИЕ: подобное полезно при отладке - в реальности же перестройку маршрутов следует вызывать лишь при активации модуля или темы - т.е. в любом случае вручную, а не при перезагрузке странице, чтобы не уменьшать производительности