numpy ComplexWarning: Casting complex values to real discards the imaginary part

ComplexWarning: Casting complex values to real discards the imaginary part

Ошибка может быть в том, что вы пытаетесь присвоить вещественному числу комплексное, скажем:

self.mtx[j, i] = matrixElement.real - matrixElement.imag * 1j

предварительно можно пребразовать данные (self.mtx[j, i] -- в моем случае это матрица нампая) к комплексному виду, и тогда всё должго быть хорошо)