.env

В основном файле src/main.ts измените строку:

 await app.listen(3000);

на нужное вам выражение или конкретный порт, напр:

 await app.listen(3007);

Использование .env

Можно также написать выражения, опирающееся на значение из .env файла:

 await app.listen(process.env.PORT || 3007);

-- тут берется или переменная PORT из env или используется порт 3007

DefinePlugin позволяет определить какие литералы на что надо заменить в коде при его сборке, именно там с помощью вебпака можно экспортировать переменные из файлов окружения в ваше-фронт приложение

Базования идея (требуется установить npm-пакет dotenv):

Можно ссылать на переменные окружения в ямле, например (пример конфигурации сервиса):

    # explicitly configure the service
    App\Service\VkApiClientService:
        arguments:
            $accountId: '%env(VK_ACCOUNT_ID)%'
            $apiVersion: '%env(VK_API_VERSION)%'
            $accessToken: '%env(VK_ACCESS_TOKEN)%'

а сами переменные задать в .env.local файле (которые держат в gitignore), например для примера выше значения переменных в этом файле можно задать так:

An exception occurred in driver: SQLSTATE[HY000] [1045] Access denied for user 'db_user'@'localhost' (using password: YES)

Не очень понятно как переопределить это значение:

DATABASE_URL=mysql://db_user:db_password@127.0.0.1:3306/db_name

значением из файл .env.local

Уточнение

Судя всему проблема наблюдается именно в консольной точке входа (bin/console) -- потому что там используется метод грузящий именно .env файл: