aggregation result exceeds maximum document size (16MB)
-- превышен размер документа в результате агрегации.
Причина
Yii2 как-то не так работает с курсором.
Решение
Можно использовать batchSize для cursor :
'cursor' => ['batchSize' => $this->batchSize]
(синтаксис php для yii2)
Что почитать: