Узнаём что удалиться
Узнать какие файлы будут удалены можно так:
git clean -n
А если ещё и папки то так:
git clean -n -d
Удалить
Удалять можно так (все файлы новые файлы):
git clean -f
Директории (fd):
git clean -fd
Конкретный файл или папку:
git clean -f путь_к_файлу_или_папке
-- при этом чтобы удалить и саму папку, а не только содержимое, не ставьте после её имени слэш.