Вызов надо взять в обратные одинарные кавычки (которые на той же клавише, что и знак "тильда"), например команду получения даты:
$output = `date`; // необычные одинарные кавычки!;)
echo $output;
(пример встречает в книге Стивена Хольцнера).
По аналогии можно узнать с помощью unix-команды, под каким пользователем запущен php-интерпретатор в ОС: