По умолчанию pip устанавливает пакеты как бы глобально. Большую часть времени это работает нормально, особенно если пишите вы небольшие скрипты, не имеющие огромного количества зависимостей. Но если у вас в несколько больших проектов, в которых используется что-то тяжелое и ломающее обратную совместимость между релизами (мне пока что удавалось избегать подобных проблем, но не удивлюсь, если этим грешит, скажем, Django) такое поведение становится проблемой.
