Пример использования IN с результатом выборки из подзапроса:
SELECT status, COUNT(user_id) as count FROM admin_users WHERE user_id IN
(SELECT DISTINCT pr.user_id FROM payment_request pr WHERE (pr.status = 2))
GROUP BY status
Заметьте, что здесь в подзапросе мы использовали слово DISTINCT которого в вашем случае может и не быть)