Помимо обычной настройки ssh для выполнения команды через прокси, можно добавить строчку:
ProxyCommand nc -X 5 -x localhost:1080 %h %p
Например:
Host bitbucket.org
Hostname bitbucket.org
IdentityFile ~/.ssh/my_rsa
ProxyCommand nc -X 5 -x localhost:1080 %h %p
где вместо localhost:1080 - адрес вашего прокси (например mixed-типа)