php Структура папок проект-пакета и вообще любого проекта

Обычно в структуре папок проект вне зависимости от того приложение это или какой-то пакет из библиотеки придерживаются некоторого единнобразия

• src/ -- в папке src в корне проекта хранят исходный код (от source "источник")
• tests/ -- в папке с таким именем часто держат автоматические тесты
• public/ -- в папке с таким именем (или подобным) лежат публичные файлы, которые доступны по прямой ссылке из Сети, обычно ее делают корнем сайта (см. напр. настройку виртуального хоста в Апач).
  В эту папку можно положить и точки входа, напр. index.php

-- т.е. код не кладут прямо в корень, это связано с желанием не иметь слишком много файлов и папок на одно уровне вложенности.

Что кладут в корень

В корне проекта/пакета могут лежать разнообразные файлы-манифесты для разных инструментов работы с этим кодом