fatal: cannot lock ref

Для удаления веток, которые уже удалены во внешнем репозитории используйте команду:

git remote prune origin

ВНИМАНИЕ: вы должны доверять состоянию внешнего репозитория, когда выполняете эту команду, вдруг в нём удали те ветки, которые удалять бы не следовало, см. официальную документацию по remote prune

В моем случае проблемы начались и "исправления" такой ошибки.

Ошибки типа:

fatal: Failed to resolve HEAD as a valid ref.

и:

fatal: cannot lock ref 'HEAD': unable to resolve reference 'refs/heads/master': reference broken