git remote prune Удалить из локального репозитория ветки, которых нет во внешнем (удалённом) репозитории (синхронизация)

Для удаления веток, которые уже удалены во внешнем репозитории используйте команду:

git remote prune origin

ВНИМАНИЕ: вы должны доверять состоянию внешнего репозитория, когда выполняете эту команду, вдруг в нём удали те ветки, которые удалять бы не следовало, см. официальную документацию по remote prune