"Вирусы", флэшки и компьютер отключённый от Интернет

Если комп отключён от сети - это не 100% безопасности, т. к. возможно что некий троян действующий на обоих компах сможет скрыто записать что-то на съёмный носитель - а потом (уже другая копия это трояна) - подхватит эти данные на "другой машине".

Откуда "троян" появился на компе, который никогда к интернету не подключали?
Ну, например - это низкоуровневая программа, зашитая в железе (производителем - а почему бы и нет) - типа "гипервизора".