Вот такая проблема наблюдается с git ftp - причем решётка добавляется в начале имен всех файлов и папок именно в корне сайта.
так что в результате
#.gitignore
выглядит после загрузки как
.gitignore
Проблема уже описывалась здесь: https://github.com/git-ftp/git-ftp/issue...
Достаточно просто обновить Git for Windows (в который и входит MINGV32)