Проблема в том, что вызов типа:
$elm['paId'] = new \MongoDB\BSON\ObjectID($elm['paId']);
Приводит к появлению в базе монго строкового значения ужасного вида:
MongoDB\\BSON\\ObjectID(58ed00ce1e766679b85a73b7)
Причина
Судя по всему проблема была связана с обходом массива со ссылкой. По крайней мере, если обходить массив без ссылки, то всё будет нормально.
