сериализация

• Сериализация -- перевод программной сущности в некое внешнее представление (напр. в XML или JSON), такое представление обычно можно сохранить в файле.
• Десериализация -- обратный процесс извлечения программной сущности из некоторого формата хранение (напр. из XML или JSON, или какой-то иной формы хранения), в память программы в стандартном для данного языка программирования виде.

Проблема в том, что вызов типа:

$elm['paId'] = new \MongoDB\BSON\ObjectID($elm['paId']);

Приводит к появлению в базе монго строкового значения ужасного вида:

MongoDB\\BSON\\ObjectID(58ed00ce1e766679b85a73b7)

Причина

Судя по всему проблема была связана с обходом массива со ссылкой. По крайней мере, если обходить массив без ссылки, то всё будет нормально.